La naturaleza federativa de la FEC supone la integración de Asociaciones que, a su vez, agrupan a distintas empresas en función del área de actividad en que operan.

Concretamente se distinguen la actividad comercializadora de café verde, los tostadores de café y la fabricación de café soluble. Cada una de estas áreas cuenta con su propia Asociación, las cuales conforman el directorio de la FEC.